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本发明涉及涉及数据处理技术领域,尤其涉及一种生物数据处理系统,所述系统包括,信息获取模块,获取微生物培养环境信息、微生物肥料营养物质信息与微生物肥料理化信息;培养环境分析模块,对微生物培养环境的异常等级进行划分;成分分析模块,对微生物肥料营养物质含量的异常性进行分析;检测模块,对微生物肥料的增益效果进行检测;存储分析模块,对微生物肥料的存储稳定性进行分析,质量评估模块,对微生物肥料的质量进行评估;评估优化模块,根据微生物肥料的电导率与微生物肥料的含水量对微生物肥料质量的评估过程进行优化。本发明提高了微生物肥料质量评估准确率、提高了生物数据处理效率。