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本发明公开了一种乙型脑炎E重组蛋白，所述的乙型脑炎E重组蛋白包括乙型脑炎E重组蛋白1和乙型脑炎E重组蛋白2，所述乙型脑炎E重组蛋白1的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述乙型脑炎E重组蛋白2的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明同时公开了一种乙型脑炎亚单位疫苗，所述的疫苗含有所述的乙型脑炎E重组蛋白1或乙型脑炎E重组蛋白2。本发明制备的乙型脑炎E重组蛋白1和乙型脑炎E重组蛋白2均具有良好的免疫原性，且乙型脑炎E重组蛋白2较乙型脑炎E重组蛋白1具有更好的免疫原性。因此，本发明公开的这2个乙型脑炎E重组蛋白均可以作为乙型脑炎亚单位疫苗的重要的备选抗原，为乙型脑炎亚单位疫苗的研发提供重要的参考和借鉴。
