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本发明提供了一种微流控三通电磁阀,其特征在于:电磁阀体安装有一个微型电磁体,一个微型的旋转电机,和一个二通管。旋转电机能够顺时针或逆时针旋转二通管,二通管的顶端有一个H长度的行程,二通管的下端伸出电磁阀体,在封死的下部端头侧面开有一个圆形的,直径为Φ100μm~Φ500μm的圆开口。提供的操作方法有装阀、检漏及使用步骤,使用步骤包括一通大气和二通大气,三通进出通道和关闭三通等。本发明具有使用简单,方便,可以任意直接与芯片控制孔连接;便于维护,不易发生故障,工作效率高。